| 2001. 04. 26 |
낙동강환경관리청 소재지 변경(부산→창원) 및 부산환경출장소 개소 |
| 2002. 04. 18 |
낙동강수계관리위원회 발족 |
| 2002. 08. 08 |
낙동강유역환경청 발족, 정원 115명에서 128명으로 증원 (2국 8과 1감시대 2출장소) |
| 2004. 03. 25 |
정원 128명에서 130명으로 증원 |
| 2005. 03. 04 |
울산환경출장소 사무실이전(울주군 언양읍 서부리 230-5번지) |
| 2006. 02. 01 |
정원 130명에서 146명으로 증원(2국 11과 1감시단 2출장소) |
| 2007. 03. 13 |
정원 146명에서 147명으로 증원 |
| 2009. 02. 25 |
부산·울산환경출장소 폐지, 정원 147명에서 139명으로 조정 |
| 2010. 07. 09 |
지역협력과 폐지, 수생태관리과 신설(2국 11과, 1감시단) |
| 2015. 01. 06 |
화학안전관리단 신설(2국 10과, 2단) |
| 2021. 02. 25 |
대기환경관리단 신설(2국 3단 10과) |
| 2022. 01. 01 |
하천국(하천계획과, 하천공사1과, 하천공사2과, 하천관리과) 신설(3국 3단 14과) |
| 2022. 12. 13 |
자원순환과 신설, 재정계획과 폐지(3국 3단 14과) |
