화학물질관리강화와 화학사고예방·대응강화를 위해 본부 화학물질과를 ‘화학물질정책과’와 ‘화학안전과’로 개편하고, 6개 환경청(원주청 제외)의 화학물질관리과를 '화학안전관리단'으로 개편하여 화학물질 현장관리 강화
배출권거래제도 시행을 위해 '기후변화대응과' 신설
201405월
미세먼지예보정확성 향상을 위해 국립환경과학원에 대기질통합예보센터 신설
201403월
환경 관련 기업의 기술개발 및 수출 등을 지원하기 위하여 환경부에 2017년 3월까지 존속하는 한시조직으로 '환경산업실증연구단지추진'을 신설
201312월
정책홍보강화와 환경오염행위에 대한 환경감시 총괄 기능을 강화하기 위해 총액인건비제로 '정책홍보팀'과 '환경감시팀' 신설
201309월
소속기관으로 화학물질안전원신설(1원3과), 원주·대구지방환경청에 화학물질관리과 신설 및 대구지방환경청에 수질관리과 신설
201303월
본부 4·5급팀 폐지 및 일부 팀 과(科) 전환(정책 홍보팀, 환경감시팀, 온실가스관리팀 폐지 및 환경산업팀, 폐자원에너지팀과 전환)
201207월
'수질관리과' 신설 및 전주지방환경청을 '새만금지방환경청'으로 개편(청장직급상향 4급→고위나급)
201201월
'환경보건관리과', '온실가스관리팀' 신설 및 과학원 소속 '국립습지센터' 설치
201109월
낙동강생물자원관 설립을 위해 한시조직으로 '낙동강생물자원관추진기획단' 설치
201101월
「책임운영기관의 설치ㆍ운영에 관한 법률 시행령」이 개정(대통령령 제22484호, 2010. 11. 15.공포, 2011. 1. 1.시행)됨에 따라 소속기관 중 국립생물자원관을 책임운영기관으로 전환하고 정원 102명(고위공무원단 3명, 4급 이하 및 기능직 99명)을 소속기관의 정원에서 제외
201007월
책임운영기관의 설치ㆍ운영에 관한 법률 시행령」이 개정(대통령령 제22484호, 2010. 11. 15.공포, 2011. 1. 1.시행)됨에 따라 소속기관 중 국립생물자원관을 책임운영기관으로 전환하고 정원 102명(고위공무원단 3명, 4급 이하 및 기능직 99명)을 소속기관의 정원에서 제외